Créer une entreprise SaaS en Suisse : le guide fiscal du fondateur

Un SaaS n’est pas un produit, c’est une prestation de services

La qualification fiscale du SaaS conditionne tout le reste, et elle ne prête pas à discussion. L’ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée énumère ce qui constitue une prestation de services en matière d’informatique ou de télécommunications, et la liste vise directement le modèle de l’abonnement logiciel : « la mise à disposition de sites web, l’hébergement web, la télémaintenance de programmes et d’équipements », « la mise à disposition et la mise à jour électroniques de logiciels », « la mise à disposition électronique d’images, de textes et d’informations ainsi que la mise à disposition de banques de données ».

Un abonnement SaaS n’est donc jamais une livraison de biens, même lorsqu’il est vendu à travers une place de marché ou un app store. La distinction n’est pas académique : la règle qui rend les plateformes redevables de la TVA à la place du vendeur ne concerne que les livraisons de biens, et elle ne s’applique pas à la distribution de logiciels en ligne. Un éditeur qui vend par une plateforme reste responsable de sa propre TVA.

Une exception mérite d’être connue par les éditeurs qui vendent de la formation en ligne : les prestations de formation dispensées de manière interactive ne comptent pas parmi les prestations de services en matière d’informatique. Un produit hybride, mi-logiciel mi-cours en direct, peut donc relever de deux régimes différents dans la même facture, ce qui se tranche en amont et non lors d’un contrôle.

La TVA du SaaS : c’est le client qui décide du lieu

La règle est posée à l’article 8, alinéa 1, de la loi sur la TVA : « le lieu de la prestation de services est le lieu où le destinataire a le siège de son activité économique ou l’établissement stable pour lequel la prestation de services est fournie ou, à défaut d’un tel siège ou d’un tel établissement, le lieu où il a son domicile ou le lieu où il séjourne habituellement ».

Pour un éditeur suisse, cela signifie qu’un abonnement vendu à une entreprise établie à Berlin, à Londres ou à New York se situe hors du territoire suisse : aucune TVA suisse n’est due sur cette facture. C’est le point aveugle du métier. Un SaaS suisse dont 80 % du chiffre d’affaires part à l’étranger est un exportateur, et il est traité comme tel, alors que ses fondateurs raisonnent le plus souvent comme s’ils vendaient un service local.

La dernière ligne du tableau est celle qui coûte le plus cher aux éditeurs qui l’ignorent. Vendre en abonnement à des consommateurs européens engage l’éditeur suisse dans le régime européen applicable aux prestataires établis hors de l’Union : un chiffre d’affaires suisse hors TVA suisse n’est pas un chiffre d’affaires hors TVA tout court.

Reste la question de l’assujettissement volontaire. Un SaaS en développement dépense avant de facturer : hébergement, sous-traitance, matériel, honoraires, tous grevés de TVA suisse. Tant que l’entreprise n’est pas inscrite au registre des assujettis, cette TVA reste un coût sec. La renonciation à la libération permet de la récupérer par l’impôt préalable, au prix d’une obligation de décompte et de la facturation de 8,1 % aux clients suisses. Pour un produit majoritairement vendu à l’étranger, l’arbitrage penche presque toujours du même côté, mais il se calcule sur le mix client réel, pas sur un principe.

L’impôt sur les acquisitions, la facture que personne n’attend

La symétrie de l’article 8 produit un effet que la plupart des jeunes éditeurs découvrent lors d’un premier contrôle. Puisque le lieu de la prestation est celui du destinataire, les services numériques achetés à l’étranger par une entreprise suisse se situent en Suisse. La loi les soumet donc à l’impôt sur les acquisitions : sont imposées « les prestations de services dont le lieu se situe sur le territoire suisse en vertu de l’art. 8, al. 1, lorsqu’elles sont fournies par des entreprises qui ont leur siège à l’étranger et ne sont pas inscrites au registre des assujettis ».

Concrètement, c’est toute la pile technique d’une startup logicielle : hébergement cloud américain, outils de collaboration, suite bureautique, outils de design, plateformes de support, briques d’intelligence artificielle facturées à l’usage. Ces fournisseurs facturent sans TVA suisse, et c’est l’acheteur suisse qui doit déclarer l’impôt.

La forme juridique quand il faudra lever des fonds

Le choix de la forme se décide sur une seule question : y aura-t-il des investisseurs, et quand ? Une raison individuelle ne demande aucun capital et s’inscrit au registre du commerce dès 100 000 francs de recettes annuelles ; elle convient à un projet solo qui teste son marché, mais elle ne se finance pas. La société à responsabilité limitée demande 20 000 francs de capital intégralement libérés et convient à un SaaS bootstrappé, dont les fondateurs ne prévoient pas de tour de table : ses parts sociales se transmettent avec des formalités qui découragent les entrées et sorties fréquentes.

La société anonyme demande 100 000 francs de capital, dont 50 000 au moins libérés, et c’est la forme des projets qui se financent. Ses actions circulent sans acte authentique, le droit révisé offre le capital-actions conditionnel et la marge de fluctuation du capital pour préparer les tours suivants, et l’ensemble se complète d’une convention d’actionnaires qui organise ce que les statuts ne peuvent pas régler : droits de préemption, sortie conjointe, vesting des fondateurs. Les prêts convertibles, très utilisés en amorçage, se logent naturellement dans cette architecture.

Les étapes de constitution restent celles de toute société suisse, détaillées dans notre guide pour créer une société en Suisse. La question du canton, elle, appelle la lecture des deux sections suivantes avant toute décision, et le comparatif des écosystèmes figure dans notre guide dédié aux startups en Suisse.

Patent box et recherche : l’arbitrage cantonal réel

Deux instruments cantonaux, issus de la réforme fiscale, changent l’équation d’une entreprise qui développe sa propre technologie. Le premier est la patent box. La loi sur l’harmonisation des impôts directs prévoit que « le bénéfice net provenant de brevets et de droits comparables est pris en compte dans le calcul du bénéfice net imposable en proportion des dépenses de recherche et de développement éligibles par rapport aux dépenses totales de recherche et de développement par brevet ou droit comparable (quotient Nexus) avec une réduction de 90 % », les cantons pouvant prévoir une réduction moindre.

Le bénéfice qui entre dans la box n’est pas le chiffre d’affaires du produit : il correspond au bénéfice net du produit diminué de 6 % des coûts qui lui sont attribués et de la rémunération de la marque. À l’entrée dans le régime, les dépenses de recherche déjà déduites par le passé, ainsi qu’une éventuelle surdéduction, sont réintégrées au bénéfice imposable, les cantons pouvant étaler cette reprise sur cinq ans. L’impôt fédéral direct, lui, ne connaît pas la patent box : l’avantage est exclusivement cantonal et communal.

Le second instrument est la surdéduction des dépenses de recherche et de développement : les cantons peuvent autoriser la déduction d’un « montant dépassant de 50 % au plus les dépenses de recherche et de développement justifiées par l’usage commercial », la Confédération n’accordant aucune déduction supplémentaire. Les cantons cités l’ont fixée à 50 %, à l’exception notable de Lucerne, qui a retenu la patent box maximale mais pas la surdéduction. Les deux avantages combinés restent plafonnés : la réduction fiscale totale ne peut excéder 70 % du bénéfice imposable.

Intéresser l’équipe sans fabriquer un impôt

Un éditeur de logiciels recrute avec des parts. La loi sur l’impôt fédéral direct traite ces participations de collaborateur dans une série d’articles dédiés, et l’Administration fédérale des contributions en précise l’application dans sa circulaire numéro 37. Trois règles suffisent à éviter les erreurs les plus coûteuses.

La première concerne les actions remises avec un délai de blocage. Leur valeur imposable au moment de l’attribution est réduite d’un escompte de 6 % par année de blocage, pour un maximum de dix ans. L’escompte est composé, ce qui explique les valeurs du barème.

La deuxième règle porte sur la valeur elle-même, et c’est celle qui structure le plan. Pour des actions non cotées, la circulaire prévoit que « la valeur déterminante est en principe calculée sur la base d’une formule appropriée et reconnue par l’employeur concerné », le calcul pouvant s’effectuer conformément aux règles d’estimation des titres non cotés, et elle ajoute une contrainte décisive : « la méthode de calcul convenue au départ doit impérativement être maintenue pour le plan de participation correspondant ». Autrement dit, on ne change pas de formule parce qu’un tour de table a fait monter la valorisation. La valeur de formule n’est par ailleurs utilisable que si l’attribution intervient dans les six mois qui suivent le jour d’évaluation retenu.

La troisième règle vise les options. Les options non cotées ou bloquées ne sont pas imposées à l’attribution, mais à l’exercice : c’est à ce moment que naît le revenu, souvent sans liquidité pour payer l’impôt correspondant si l’action ne peut pas être vendue. Pour un collaborateur qui a changé de pays entre l’attribution et l’exercice, l’imposition est répartie proportionnellement à la période passée en Suisse, ce qui suppose de documenter les dates dès l’origine.

Le fondateur, sa valorisation et l’impôt sur la fortune

Les actions d’une société non cotée entrent dans la fortune imposable de leur détenteur, et leur estimation suit la circulaire de la Conférence suisse des impôts consacrée aux titres non cotés. Elle prévoit une règle propre aux jeunes sociétés : « pour l’année de fondation et la période de lancement, les sociétés commerciales, industrielles et de services sont généralement estimées d’après leur valeur substantielle. Dès que les résultats commerciaux deviennent représentatifs, il convient d’appliquer les règles d’estimation selon les chiffres 34 ss. »

Traduit en pratique : tant que la société n’a pas d’historique de résultats significatif, elle vaut ses fonds propres, ce qui reste modeste pour une startup. Ensuite s’applique la méthode dite des praticiens, qui pondère deux fois la valeur de rendement et une fois la valeur substantielle, la valeur de rendement étant capitalisée à un taux publié chaque année par l’Administration fédérale des contributions. Le basculement d’une méthode à l’autre peut multiplier la valeur imposable des actions d’un fondateur qui, lui, n’a encaissé aucun dividende.

Une levée de fonds ajoute une difficulté connue : un investisseur qui souscrit à une valorisation élevée fixe un prix pour un paquet minoritaire, dans des conditions particulières, et cette transaction peut être invoquée pour estimer l’ensemble des titres. Le sujet se discute avec l’administration cantonale, avec les pièces du tour, plutôt que se découvre à la taxation. À Genève, où le barème de l’impôt sur la fortune compte parmi les plus élevés de Suisse, la question est sensible : un projet de loi cantonal destiné à alléger l’imposition des titres de start-up a été rejeté en septembre 2024, et le canton applique la circulaire seule.

Les cinq pièges du SaaS suisse

Le premier est de facturer 8,1 % de TVA suisse à des clients étrangers, par prudence ou par méconnaissance. L’impôt facturé à tort est dû, et le client étranger, lui, ne le récupère pas : la correction est possible mais coûteuse en relation commerciale.

Le deuxième est l’inverse du premier : ignorer l’impôt sur les acquisitions sur la pile technique. Une startup non assujettie qui dépense 25 000 francs par an en outils étrangers doit l’impôt et l’annonce, sans que personne ne lui adresse de facture pour le lui rappeler.

Le troisième est de choisir un canton pour sa patent box sans avoir vérifié qu’un brevet ou un droit comparable existe. Un déménagement décidé sur un tableau de pourcentages qui ne s’appliqueront jamais coûte plus qu’il ne rapporte.

Le quatrième est de lancer un plan d’intéressement sans formule d’évaluation écrite, puis d’en changer après une levée. La méthode se fige au départ, elle se documente, et elle vaut pour tout le plan.

Le cinquième est de traiter la comptabilité d’un modèle par abonnement comme celle d’une société de services : les encaissements annuels d’avance ne sont pas du chiffre d’affaires de la période, et un rattachement mal fait déforme à la fois le résultat imposable et les indicateurs présentés aux investisseurs.

FAQ : créer une entreprise SaaS en Suisse

Faut-il une autorisation pour éditer un logiciel en Suisse ?

Non. L’édition de logiciels et la vente d’abonnements en ligne ne sont soumises à aucune autorisation sectorielle en Suisse. Les obligations d’un éditeur sont celles de toute entreprise : inscription au registre du commerce selon la forme et le chiffre d’affaires, assujettissement à la TVA au-delà de 100 000 francs de chiffre d’affaires mondial, assurances sociales dès le premier salarié, et protection des données pour le traitement des données de ses clients.

Un SaaS suisse doit-il facturer la TVA à ses clients étrangers ?

Non. Le lieu d’une prestation de services est celui où le destinataire a son siège ou son domicile. Un abonnement vendu à un client établi hors de Suisse se situe donc à l’étranger et ne supporte pas la TVA suisse. Attention toutefois aux ventes aux consommateurs de l’Union européenne, qui relèvent des règles européennes et peuvent impliquer une inscription au guichet unique, indépendamment du droit suisse.

Qu’est-ce que l’impôt sur les acquisitions pour une startup logicielle ?

C’est l’impôt dû par l’acheteur suisse sur les prestations de services acquises auprès d’entreprises étrangères non inscrites au registre des assujettis suisse : hébergement cloud, outils collaboratifs, licences en ligne. Une entreprise non assujettie à la TVA le doit dès qu’elle acquiert pour plus de 10 000 francs de telles prestations dans l’année civile, et elle s’annonce dans les 60 jours qui suivent la fin de cette année. Une entreprise déjà assujettie le déclare dans son décompte ordinaire et le déduit.

Un logiciel donne-t-il droit à la patent box ?

Pas automatiquement. La patent box vise les brevets et les droits comparables, pas le code protégé par le droit d’auteur. Un logiciel n’est brevetable en Suisse que s’il constitue une invention mise en œuvre par ordinateur, ce qui suppose un dépôt. Sans titre éligible, la box ne produit aucun effet, quel que soit le canton. La surdéduction des dépenses de recherche et de développement, elle, porte sur les dépenses et ne demande aucun titre de propriété intellectuelle.

Quel canton choisir pour une entreprise SaaS ?

Le taux d’impôt sur le bénéfice ne suffit pas à trancher. La réduction accordée par la patent box va de 90 % à Zurich, Zoug, Lucerne, Fribourg, au Tessin, en Valais, à Bâle-Ville et en Argovie, jusqu’à 10 % à Genève, en passant par 70 % à Berne, 60 % dans le canton de Vaud et 20 % à Neuchâtel. La surdéduction de recherche est fixée à 50 % dans la plupart des cantons, Lucerne n’en accordant aucune. Le choix se fait donc au regard de la structure réelle des dépenses et de l’existence d’un titre éligible, en tenant compte du plafond de 70 % du bénéfice.

Comment sont imposées les actions données aux collaborateurs ?

Les actions de collaborateur sont imposées à l’attribution, sur leur valeur vénale ou, pour des titres non cotés, sur une valeur de formule reconnue et maintenue pour tout le plan. Un délai de blocage donne droit à un escompte de 6 % par année, au maximum dix ans, soit 25,274 % d’abattement à cinq ans et 44,161 % à dix ans. Les options non cotées ou bloquées ne sont pas imposées à l’attribution mais à l’exercice, ce qui crée un revenu sans liquidité si l’action n’est pas cessible.

Sources

• Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), art. 8, 10, 11, 45 et 66
• Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RS 641.201), art. 10
• Loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, RS 642.14), art. 24b, 25a et 25b
• Administration fédérale des contributions, Imposition réduite de bénéfices provenant de brevets et de droits comparables, état 2025
• Administration fédérale des contributions, Déduction supplémentaire des dépenses de recherche et de développement, état 2025
• Loi fédérale sur l’impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11), art. 17a à 17d
• Administration fédérale des contributions, circulaire n° 37 sur l’imposition des participations de collaborateur, du 30 octobre 2020
• Conférence suisse des impôts, circulaire n° 28, Instructions concernant l’estimation des titres non cotés en vue de l’impôt sur la fortune, édition 2022